I Hrvati su 2001. godine povlačili vojsku iz OS BiH, ali je stvaranje trećeg entiteta spriječio SFOR
Prvi put kada je 2001. godine bila formirana vlast na nivou Federacije bez HDZ-a, kao odgovor na to, prave hrvatske stranke, predvođene Jelavićevim HDZ-om, uz značajnu podršku jednog dijela Crkve, okupljenog oko biskupa mostarskog Ratka Perića i hercegovačkih franjevaca, uz dvoznačne poruke zvaničnog Zagreba, proglasile su 3. marta 2001. na sjednici Sabora u Mostaru – Hrvatsku samoupravu, sa Hrvatskim narodnim saborom, kao zakonodavnim, te Međužupanijskim vijećem kao izvršnim tijelom vlasti.
Bijes hrvatskih stranaka i ukupnost separatističkih aktivnosti HDZ-a i njegovih partnera, bio je usmjeren prema međunarodnoj zajednici, jer ona i jeste kumovala vlasti koju je formirala i vodila Alijansa.
Platforma Hrvatskog sabora tražila je osnivanje Federalne Republike Bosne i Hercegovine, sa načelom potpunog pariteta i ravnopravnosti naroda, uz novu Međunarodnu konferenciju u BiH, neku vrstu Daytona II.
Prvi i najveći čin koji je pokazao ozbiljnost Samouprave, a kasnije se pokazao kao koban po njeno trajanje, bilo je izdvajanje hrvatske komponente iz bošnjačko-hrvatske Vojske Federacije BiH, čime je Hrvatsko vijeće obrane ponovno uspostavljeno.
Nakon toga, nekoliko većih jedinica Hrvatskog vijeća obrane, a prije svih, Prvi hrvatski gardijski zbor Vojske Federacije BiH sa sjedištem u Mostaru objavio otkazivanje poslušnosti novoizabranom federalnom ministru odbrane Miju Aniću. Krajem marta, Hrvatski narodni sabor je pozvao oficire i vojnike hrvatske komponente Vojske Federacije BiH na samoraspuštanje, uz obećanje da će svakog mjeseca dobivati po 500 konvertibilnih maraka novčane naknade. Većina oficira i vojnika ovaj je poziv ispoštovala, te su kasarne HVO-a ostale prazne.
Iako je HDZ tražio lojalnost samoupravi od Hrvata u drugim većim institucijama (policija, carina, ministarstva) takvo što nikada nije potpuno zaživjelo, a Jelavić, koji je u martu obznanio nepostojanje Federacije, već u oktobru 2001. obznanio je i kraj Samouprave.
Druga bitna institucija u funkcioniranju Samouprave bila je Hercegovačka banka, za koju se smatralo da je glavni izvor i način finansiranja, pa je tako međunarodna zajednica preko tadašnjeg SFOR-a odlučila udariti Samoupravu u samo središte. Specijalne jedinice upale su u Hercegovačku banku i iznijele novac. Bio je to i formalni i simbolički početak pada Jelavićevog projekta.
Dok je osnivao Samoupravu, Jelavić je odlukom Visokog predstavnika skinut sa funkcije člana Predsjedništva BiH, a na njegovo mjesto postavljen je Jozo Križanović iz SDP-a. Jelaviću je kasnije, 2005., na Sudu BiH osuđen za zloupotrebu položaja i nesavjesno obavljanje političke dužnosti, a sve zbog korištenja sredstava Federacije i federalnog ministarstva odbrane za refundiranje Hercegovačke banke i Hercegovina osiguranja, a to je zapravo bilo i finansiranje Samouprave. U toku suđenja pušten je na slobodu, što je iskoristio za bijeg u Hrvatsku.
